Die Aktivitäten von PAMF werden durchgeführt in Kooperation mit Institutionen des öffentlichen Gesundheitswesens wie Psychosomatische Abteilung der Universitätsklinik Freiburg, der Michael-Balint-Klinik; der Psychologischer Abteilung der Universität Freiburg, Refugium Freiburg, Refugio Villingen-Schwenningen, nationalen und internationalen Psychosozialen Zentren zur Behandlung von traumatisierten Geflüchteten und Wohlfahrtsverbänden. Der langjährigste Kooperationspartner ist das Deutsche Rote Kreuz.